院緊緊圍繞為政府環境管理和為社會環境保護提供服務的基本宗旨，積極承擔重大環保科研、服務項目，取得了較好的成績。近5年，院共完成800余個各類環境科技項目，先后獲得國家級、省部級科技獎7項，國家專利授權150項，發表論250余篇，出版專著35部，覆蓋了眾多環境保護熱點、難點和重點領域。

    高原湖泊保護治理領域：積累了九大高原湖泊流域近三十年、數十萬個水環境特征數據，集成了流域污染調查和高精度水環境模擬技術體系，在湖濱生態修復、河塘庫濕地技術集成、汛期污染綜合防控等方面取得重大突破，獲得國家級、省級科技獎勵6項，發表學術論文100余篇，獲得授權專利18項，在滇池、撫仙湖、陽宗海、異龍湖等湖濱帶形成了上萬畝規模化生態修復應用。連續支撐三個五年規劃九湖污染治理頂層設計，形成了百余項“湖泊革命”攻堅的決策支撐成果。
    生態產品價值實現領域：開發了適用于高原湖泊流域的生態產品價值核算技術體系并在九湖流域試點，支撐了兩輪次赤水河流域云貴川跨省橫向生態補償，為全國全省生態產品價值實現探索實踐提供了樣板案例，形成的系列專報、建議獲國務院和省委省政府領導肯定性批示5篇，成果榮獲“云南省社會科學獎一等獎”。
    “雙碳”研究領域：作為全省最早開展低碳研究的科研機構之一，承擔了亞洲開發銀行在國內第一個省級低碳項目，實施了8個國家清潔發展機制基金（CDM）贈款項目和數十項省級低碳和氣候變化重要項目，配合起草了云南省碳達峰碳中和“1+N”政策體系文件。
    固體廢物污染防治領域：構建了工業固體廢物堆存場所環境風險評估及防控技術體系，應用于全省600余個歷史遺留堆場、尾礦庫和填埋場。研發了易揮發（砷、汞）低碳熱相分離及綠色回收技術，砷、汞脫除率分別達99%、95%，回收率均在95%以上，為我省20余萬噸含砷和3000余噸含汞危險廢物的安全處置及資源化利用提供了可靠的技術保障。
    土壤污染防治領域：建立了污染地塊修復治理效果評估新方法，研發了重金屬污染土壤穩定化修復新材料，集成了重金屬、有機污染地塊土壤修復與風險管控技術體系，開發了農用地涉鎘污染源“渣—土—水”原位協同管控技術、施工裝備與高分子防滲材料。已獲授權專利17項，成果被生態環境部《土壤污染風險管控與修復技術手冊》收錄，入選國家重點環境保護實用技術及示范工程名錄。
    生態環境規劃領域：深化對空間規劃、系統分析、智慧決策為核心的規劃理論和方法的研究，編制了“十二五”以來省生態文明建設排頭兵規劃、歷次生態環境保護五年規劃以及重點流域、重要專項規劃，技術支撐我省14個地區成功創建國家生態文明建設示范區和“兩山”基地，占我省已命名地區的64%。
    農村生活污水治理領域：起草了《云南省農村生活污水處理設施水污染排放標準》，率先提出采用清潔能源、生態治理等適合山區半山區農村生活污水資源化利用的治理模式，在4000余個行政村推廣應用，促進全省農村生活污水治理率提升28個百分點，并節約了投資運行成本。
    環境風險防控領域：構建了區域流域、產業園區、風險源企業的環境風險調查評估管控和突發環境事件應急處置技術體系，實現261家省重點企業土壤污染隱患智能分析預警。集成巖溶區危險廢物泄漏污染地下水應急處置技術，重金屬、苯系物等污染物去除率達98%以上，已在我省環境應急處置中應用。
    大氣污染防治領域：率先搭建了光化學網格模型預測平臺，并成功運用于安寧、楚雄等6個產業園區總體規劃環境影響大氣預測。綜合運用衛星遙感、走航和組份監測等技術手段，支撐西雙版納州大氣污染防治攻堅，環境空氣優良率提升了4.5個百分點，PM2.5濃度下降30％。
    生態保護領域：建立了全省生態變化調查與評估技術應用體系，對全省及高黎貢山、金沙江流域等重點區域進行連續監測評估，系統掌握了二十年全省生態系統變化特征。
    生態環境智慧治理領域：著力構建集“智慧監測-智能溯源—智慧模擬—綠色治理—綜合效應提升”于一體的全過程智慧治理成套技術及決策工具，開發生態環境“智慧大腦”，建成“超算中心”，研發了湖泊智慧管理、環境智能決策、農村生活污水治理、土壤污染重點監管單位和產業園區等多個智慧化監管平臺，部分成果入選“十四五”全國生態環境工程創新案例。